FONDESURCO ha obtenido un reconocimiento a la Transparencia Financiera Dek Consultive Group Consultative to Assit to Poor (CGAP), del Banco Mundial, en los años 2004,2006 y 2007 estos reconocimientos ratifica la apertura y transparencia de FONDESURCO. Desde su fundación, en 1994, Fondesurco contrata los servicios de Auditores Externos quienes realizan su evaluación bajo estándares de la Superintendencia de Banca y Seguros (auditoria de: estados financieros, cartera de créditos y gestión); y es parte del sistema de autorregulación privada de la Iniciativa Microfinanzas.
Asi mismo, desde el año 2006 es evaluado por empresas calificadoras de3 riesgo especializadas en microfinanzas.
Así mismo, a fines del año 2004, Finanzas e Investigación para el Área Rural (FINDER) , con recursos de la Fundación FORD , otorgó el premio de Proyectos Innovadores para el Desarrollo Rural a FONDESURCO. Este proyecto que se encuentra en la fase final de su implementación consiste en la evaluación y aprobación de créditos " in situ", es decir evita el desplazamiento de los clientes para trámites otorgándose incluso préstamos en el mismo día.